墨智成

The nature of the hydrophobic interaction varies as the solute size increases from methane’s to C60’s

フルテキストURL	fulltext.pdf
著者	Naito, Hidefumi\| Sumi, Tomonari\| Koga, Kenichiro\|
発行日	2024-12-02
出版物タイトル	The Journal of Chemical Physics
巻	161巻
号	21号
出版者	AIP Publishing
開始ページ	214501
ISSN	0021-9606
NCID	AA00694991
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
著作権者	© 2024 Author(s).
論文のバージョン	publisher
PubMed ID	39620415
DOI	10.1063/5.0233808
Web of Science KeyUT	001368895000001
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1063/5.0233808

Vaccine and antiviral drug promise for preventing post-acute sequelae of COVID-19, and their combination for its treatment

フルテキストURL	fulltext.pdf
著者	Sumi, Tomonari\| Harada, Kouji\|
キーワード	post-acute sequelae of SARS-CoV-2 infection PASC long Covid persistent viruses vaccine antiviral drug mathematical model immune response
発行日	2024-08-09
出版物タイトル	Frontiers in Immunology
巻	15巻
出版者	Frontiers Media
開始ページ	1329162
ISSN	1664-3224
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
著作権者	© 2024 Sumi and Harada.
論文のバージョン	publisher
PubMed ID	39185419
DOI	10.3389/fimmu.2024.1329162
Web of Science KeyUT	001295899400001
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.3389/fimmu.2024.1329162

Molecular mechanism of the common and opposing cosolvent effects of fluorinated alcohol and urea on a coiled coil protein

フルテキストURL	fulltext.pdf
著者	Nakata, Noa\| Okamoto, Ryuichi\| Sumi, Tomonari\| Koga, Kenichiro\| Morita, Takeshi\| Imamura, Hiroshi\|
キーワード	2,2,2-trifluoroethanol cosolvent effects preferential binding parameter protein folding stability urea
発行日	2023-09-25
出版物タイトル	Protein Science
巻	32巻
号	10号
出版者	Wiley
開始ページ	e4763
ISSN	0961-8368
NCID	AA10829011
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
著作権者	© 2023 The Authors.
論文のバージョン	publisher
PubMed ID	37622187
DOI	10.1002/pro.4763
Web of Science KeyUT	001083988800003
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1002/pro.4763

How do water-mediated interactions and osmotic second virial coefficients vary with particle size?

フルテキストURL	fulltext.pdf
著者	Naito, Hidefumi\| Sumi, Tomonari\| Koga, Kenichiro\|
発行日	2024
出版物タイトル	Faraday Discussions
巻	249巻
出版者	Royal Society of Chemistry (RSC)
開始ページ	440
終了ページ	452
ISSN	1359-6640
NCID	AA10836538
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
著作権者	© The Royal Society of Chemistry 2024
論文のバージョン	publisher
PubMed ID	37791511
DOI	10.1039/d3fd00104k
Web of Science KeyUT	001077081700001
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1039/d3fd00104k

Solvation free energies of alcohols in water: temperature and pressure dependences

フルテキストURL	fulltext20231129-01.pdf
著者	Taira, Aoi\| Okamoto, Ryuichi\| Sumi, Tomonari\| Koga, Kenichiro\|
発行日	2023
出版物タイトル	Physical Chemistry Chemical Physics
巻	25巻
号	45号
出版者	Royal Society of Chemistry (RSC)
開始ページ	31107
終了ページ	31117
ISSN	1463-9076
NCID	AA11301773
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
著作権者	© the Owner Societies 2023
論文のバージョン	publisher
PubMed ID	37947179
DOI	10.1039/d3cp03799a
Web of Science KeyUT	001099200400001
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1039/d3cp03799a

Immune response to SARS-CoV-2 in severe disease and long COVID-19

フルテキストURL	fulltext.pdf
著者	Sumi, Tomonari\| Harada, Kouji\|
発行日	2022-08-19
出版物タイトル	ISCIENCE
巻	25巻
号	8号
出版者	CELL PRESS
開始ページ	104723
ISSN	2589-0042
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
著作権者	© 2022 The Author(s).
論文のバージョン	publisher
PubMed ID	35813874
DOI	10.1016/j.isci.2022.104723
Web of Science KeyUT	000843628600010
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.104723

Osmotic second virial coefficients for hydrophobic interactions as a function of solute size

フルテキストURL	fulltext20220810-2.pdf
著者	Naito, Hidefumi\| Okamoto, Ryuichi\| Sumi, Tomonari\| Koga, Kenichiro\|
備考	This article may be downloaded for personal use only. Any other use requires prior permission of the author and AIP Publishing. This article appeared in (Hidefumi Naito, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga; Osmotic second virial coefficients for hydrophobic interactions as a function of solute size. J. Chem. Phys. 14 June 2022; 156 (22): 221104. https://doi.org/10.1063/5.0097547) and may be found at (https://doi.org/10.1063/5.0097547). This fulltext is available in June 2023.\|
発行日	2022-06-14
出版物タイトル	The Journal of Chemical Physics
巻	156巻
号	22号
出版者	AIP Publishing
開始ページ	221104
ISSN	0021-9606
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
著作権者	© 2022 Author(s).
論文のバージョン	publisher
PubMed ID	35705398
DOI	10.1063/5.0097547
Web of Science KeyUT	000832682400001
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1063/5.0097547

Kinetics of the ancestral carbon metabolism pathways in deep-branching bacteria and archaea

フルテキストURL	fulltext.pdf
著者	Sumi, Tomonari\| Harada, Kouji\|
発行日	2021-10-22
出版物タイトル	Communications Chemistry
巻	4巻
号	1号
出版者	Nature Portfolio
開始ページ	149
ISSN	2399-3669
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
著作権者	© The Author(s) 2021
論文のバージョン	publisher
DOI	10.1038/s42004-021-00585-0
Web of Science KeyUT	000710351300002
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1038/s42004-021-00585-0

Ion Size Dependences of the Salting-Out Effect: Reversed Order of Sodium and Lithium Ions

フルテキストURL	fulltext20210803-3.pdf
著者	Katsuto, Hiroyuki\| Okamoto, Ryuichi\| Sumi, Tomonari\| Koga, Kenichiro\|
備考	This document is the Accepted Manuscript version of a Published Work that appeared in final form in [The Journal of Physical Chemistry B], copyright © American Chemical Society after peer review and technical editing by the publisher. To access the final edited and published work see https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.1c03388\|
発行日	2021-6-8
出版物タイトル	The Journal of Physical Chemistry B
巻	125巻
号	23号
出版者	American Chemical Society (ACS)
開始ページ	6296
終了ページ	6305
ISSN	1520-6106
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
著作権者	© 2021 American Chemical Society
論文のバージョン	author
PubMed ID	34102058
DOI	10.1021/acs.jpcb.1c03388
Web of Science KeyUT	000664303000026
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.1c03388

Two different regimes in alcohol-induced coil–helix transition: effects of 2,2,2-trifluoroethanol on proteins being either independent of or enhanced by solvent structural fluctuations

フルテキストURL	PCCP_2021.pdf ESI_PCCP_2021.pdf
著者	Ohgi, Hiroyo\| Imamura, Hiroshi\| Sumi, Tomonari\| Nishikawa, Keiko\| Koga, Yoshikata\| Westh, Peter\| Morita, Takeshi\|
発行日	2021-03-23
出版物タイトル	Physical Chemistry Chemical Physics
巻	23巻
号	10号
出版者	Royal Society of Chemistry (RSC)
開始ページ	5760
終了ページ	5772
ISSN	1463-9076
NCID	AA11301773
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
著作権者	the Owner Societies 2021
論文のバージョン	author
PubMed ID	33481971
DOI	10.1039/d0cp05103a
Web of Science KeyUT	000630207300062
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1039/d0cp05103a

Unveiling the Interaction Potential Surface between Drug-Entrapped Polymeric Micelles Clarifying the High Drug Nanocarrier Efficiency

フルテキストURL	Manuscript_NanoLett.pdf SI_NanoLett.pdf
著者	Morita, Takeshi\| Mukaide, Sayaka\| Chen, Ziqiao\| Higashi, Kenjirou\| Imamura, Hiroshi\| Moribe, Kunikazu\| Sumi, Tomonari\|
キーワード	polymeric micelle drug entrapment nanocarrier interaction potential surface small-angle X-ray scattering model-potential-free liquid-state theory
備考	This document is the Accepted Manuscript version of a Published Work that appeared in final form in Nano Letters, copyright © American Chemical Society after peer review and technical editing by the publisher. To access the final edited and published work see https://doi.org/10.1021/acs.nanolett.0c03978 .\|
発行日	2021-01-22
出版物タイトル	Nano Letters
巻	21巻
号	3号
出版者	American Chemical Society (ACS)
開始ページ	1303
終了ページ	1310
ISSN	1530-6984
NCID	AA11511812
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
著作権者	2021 American Chemical Society
論文のバージョン	author
PubMed ID	33480258
DOI	10.1021/acs.nanolett.0c03978
Web of Science KeyUT	000619638600015
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1021/acs.nanolett.0c03978

Mechanism underlying hippocampal long-term potentiation and depression based on competition between endocytosis and exocytosis of AMPA receptors

フルテキストURL	fulltext.pdf
著者	Sumi, Tomonari\| Harada, Kouji\|
キーワード	Biophysical models Long-term depression Long-term potentiation
発行日	2020-09-07
出版物タイトル	Scientific Reports
巻	10巻
号	1号
出版者	Nature
開始ページ	14711
ISSN	2045-2322
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
著作権者	© The Author(s) 2020
論文のバージョン	publisher
PubMed ID	32895399
DOI	10.1038/s41598-020-71528-3
Web of Science KeyUT	000570970200006
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1038/s41598-020-71528-3

Theoretical analysis on thermodynamic stability of chignolin

フルテキストURL	SR9_1_5186.pdf
著者	Sumi, Tomonari\| Koga, Kenichiro\|
発行日	2019-3-26
出版物タイトル	Scientific Reports
巻	9巻
出版者	Nature Publishing Group
開始ページ	5186
ISSN	2045-2322
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
著作権者	© The Author(s) 2019
論文のバージョン	publisher
PubMed ID	30914684
DOI	10.1038/s41598-019-41518-1
Web of Science KeyUT	000462298600073
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1038/s41598-019-41518-1

Application of reference-modified density functional theory: Temperature and pressure dependences of solvation free energy

フルテキストURL	J_ComputChem_39_4_202.pdf SI_J_ComputChem_39_4_202.pdf
著者	Sumi, Tomonari\| Maruyama, Yutaka\| Mitsutake, Ayori\| Mochizuki , Kenji\| Koga, Kenichiro\|
キーワード	3D-RISM theory chignolin classical density functional theory high-pressure unfolding hydrophobic solute protein temperature and pressure dependences of solvation free energy thermal denaturation
発行日	2017-11-08
出版物タイトル	Journal of Computational Chemistry
巻	39巻
号	4号
出版者	Wiley
開始ページ	202
終了ページ	217
ISSN	01928651
NCID	AA00257341
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
論文のバージョン	author
PubMed ID	29116647
DOI	10.1002/jcc.25101
Web of Science KeyUT	000417850400002
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1002/jcc.25101

A solvation-free-energy functional: A reference-modified density functional formulation

フルテキストURL	J_Comput_Chem_36_18_135.pdf
著者	Sumi, Tomonari\| Mitsutake, Ayori\| Maruyama, Yutaka\|
キーワード	salvation-free-energy classical density functional theory 3D-RISM theory water amino acid side-chain chignolin
発行日	2015-05-31
出版物タイトル	Journal of Computational Chemistry
巻	36巻
号	18号
開始ページ	1359
終了ページ	1369
ISSN	01928651
NCID	AA00257341
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
論文のバージョン	author
PubMed ID	26032201
DOI	10.1002/jcc.23942
Web of Science KeyUT	000356310800002
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1002/jcc.23942

A reference-modified density functional theory: An application to solvation free-energy calculations for a Lennard-Jones solution

フルテキストURL	J_ChemPhys_144_22_224104.pdf
著者	Sumi, Tomonari\| Maruyama, Yutaka\| Mitsutake, Ayori\| Koga, Kenichiro\|
発行日	2016-06-10
出版物タイトル	Journal of Chemical Physics
巻	144巻
号	22号
出版者	American Institute of Physics
開始ページ	224104
ISSN	00219606
NCID	AA00694991
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
論文のバージョン	author
PubMed ID	27305993
DOI	10.1063/1.4953191
Web of Science KeyUT	000378926100007
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1063/1.4953191

Model-potential-free analysis of small angle scattering of proteins in solution: insights into solvent effects on protein-protein interaction

フルテキストURL	PhysChemChemPhys_16_46_25492.pdf
著者	Sumi, Tomonari\| Imamura, Hiroshi\| Morita, Takeshi\| Isogai, Yasuhiro\| Nishikawa, Keiko\|
発行日	2014-10-17
出版物タイトル	Physical Chemistry Chemical Physics
巻	16巻
号	46号
出版者	Royal Society of Chemistry
開始ページ	25492
終了ページ	25497
ISSN	14639076
NCID	AA11301773
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
論文のバージョン	author
PubMed ID	25343423
DOI	10.1039/c4cp03606a
Web of Science KeyUT	000344989500036
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1039/c4cp03606a

A model-free method for extracting interaction potential between protein molecules using small-angle X-ray

フルテキストURL	J_MoleculLiq_200_42.pdf
著者	Sumi, Tomonari\| Imamura, Hiroshi\| Morita, Takeshi\| Nishikawa, Keiko\|
キーワード	Protein solutions Lysozyme Protein-protein interaction Liquid state theory Integral equation DLVO model
発行日	2014-04-01
出版物タイトル	Journal of Molecular Liquids
巻	200巻
号	Part.A号
出版者	Elsevier Science
開始ページ	42
終了ページ	46
ISSN	01677322
NCID	AA10636062
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
論文のバージョン	author
DOI	10.1016/j.molliq.2014.03.014
Web of Science KeyUT	000347592900010
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1016/j.molliq.2014.03.014

Numerical calculation on a two-step subdiffusion behavior of lateral protein movement in plasma membranes

フルテキストURL	PhysRevE_96_4_042410_a.pdf
著者	Sumi, Tomonari\| Okumoto, Atsushi\| Goto, Hitoshi\| Sekino, Hideo\|
発行日	2017-10-19
出版物タイトル	Physical review. E.
巻	96巻
号	4-1号
出版者	American Physical Society
開始ページ	042410
ISSN	24700045
NCID	AA11558033
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
論文のバージョン	publisher
PubMed ID	29347488
DOI	10.1103/PhysRevE.96.042410
Web of Science KeyUT	000413293200004
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1103/PhysRevE.96.042410

Is F-1-ATPase a Rotary Motor with Nearly 100% Efficiency? Quantitative Analysis of Chemomechanical Coupling and Mechanical Slip

フルテキストURL	Nanolett_19_5_3370.pdf SI_Nanolett_19_5_3370.pdf
著者	Sumi, Tomonari\| Klumpp, Stefan\|
キーワード	F-1-ATPase rotary molecular motor chemomechanical network model free-energy transduction efficiency ATP synthesis torque-induced mechanical slip
発行日	2019-04-24
出版物タイトル	Nano Letters
巻	19巻
号	5号
出版者	American Chemical Society
開始ページ	3370
終了ページ	3378
ISSN	15306984
NCID	AA11511812
資料タイプ	学術雑誌論文
言語	英語
OAI-PMH Set	岡山大学
著作権者	Copyright © 2019 American Chemical Society
論文のバージョン	author
PubMed ID	31017791
DOI	10.1021/acs.nanolett.9b01181
Web of Science KeyUT	000467781900078
関連URL	isVersionOf https://doi.org/10.1021/acs.nanolett.9b01181

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