Genomic Organization of Odontoglossum Ringspot Virus (Cy-1 Strain) RNA and Comparison with That of Korean Strain

The complete nucleotide sequince of the genomic RNA of odontoglossum ringspot virus Cy-1 strain(ORSV Cy-1) was determined using cloned cDNA. This sequence is 6611 nucleotides long containing four open reading frames, which correspond to 126 K,183 K,31 K and 18 K proteins. The 5' non-coding region of ORSV Cy-1 is 62 nucleotides. The ORFs encoded a 126 K polypeptide and a 183 K read-through product in which helicase-sequence and polymerase-sequence motifs are found. The5' non-coding region,which extends from bases 1 to 62 has 2G residues and the ribosome binding site (AUU). The3' non-coding region of ORSV Cy-1 composes 414 nucleotides in length. The genomic organization of ORSV Cy-1 is nearly identical to that of ORSV Korean strain(ORSV-K). However, the ORF encoding 183 K protein overlapes the ORF encoding 31 K protein in ORSV Cy-1, but not in ORSV-K. The 183 K read-through product of ORSV Cy-1 is 16 amino acids longer than that of ORSV-K. The homology of the nucleotide sequences of ORSV Cy-1 and ORSV-K is 96%.

オドントグロッサムリングスポットウイルスCy-1株（ORSV Cy-1）のcDNAクローンを用いて完全長ゲノムRNAの塩基配列を決定した。この配列の長さは6611塩基であり、126K、183K、31K、および18Kのタンパク質に対応する4個のオープンリーディングフレーム（ORF）を含んでいた。ORSV Cy-1の5'非翻訳領域は62塩基であった。126Kおよび、その183Kリードスル―産物をコードするORF内にはヘリカーゼとポリメラーゼの塩基配列モチーフが含まれていた。5'非翻訳領域である1から62塩基目の領域には2個のG残基とリボソーム結合領域（AUU）を保持していた。ORSV Cy-1の3'非翻訳領域は414塩基長であった。ORSV Cy-1の遺伝子構成は、韓国株（ORSV-K）とほとんど同じであった。しかしながら、ORSV Cy-1の183Kタンパク質をコードするORFは31Kタンパク質をコードしているORFと一部重なっていたが、ORSV－Kでは重なっていなかった。ORSV Cy-1およびORSV-Kの183Kタンパク質のアミノ酸数を比較すると、ORSV Cy-1とORSV-Kの塩基配列の相同性は96％であった。